클러스터 시스템에서의 MPI 설정 방법

1. 여기에서는 MPICH2를 기본으로 설명을 하며,
   이탤릭체로 되어 있는 것은 각자의 시스템에 따라 달라질 수 있는 이름입니다.
    
2. 클러스터 시스템에서의 사용자 계정 생성 및 설정 방법은 다음 글을 참조하세요.
   - 클러스터 시스템에서의 사용자 관리 : http://www.dhkim.info/238
   특히, 위 글의 "3. 노드간 무인증 접속 설정"을 제대로 해 주어야 합니다.
   노드간 무인증 접속은 ssh와 rsh의 2가지 방법이 있는데, MPI에서는 기본으로 ssh를 지원하며, rsh를 사용할 경우는 옵션으로 지정이 가능합니다.
    
3. 다음은 mpdboot를 위한 설정을 해 주어야 하는데 우선은 ".mpd.conf" 화일을 생성해 줍니다.
   %cd ~; echo MPD_SECRETWORD=hostname > .mpd.conf; chmod 600 .mpd.conf
   .mpd.conf는 user만이 읽고 쓰기 권한을 가져야 합니다.
   
4. 노드들의 정보를 담은 mpd.hosts 화일을 생성해야 하는데 4코아 2CPU의 4노드 시스템이라면,
   전체 32 CPUs로써 다음과 같이 편집하여 화일을 생성합니다.
   [mpd.hosts의 내용]
   hostname0
   hostname1
   hostname2
   hostname3
    
5. 자, 이제 mpdboot를 이용하여 노드 4개를 boot 시켜 봅니다.
   %mpdboot -n 4 -f mpd.hosts
   "-n 4"는 사용할 노드의 갯수를 적으면 되고, 코아 단위의 CPU 갯수를 지정할 경우에는
   "-ncpus=n"으로 설정하면 됨
    
6. mpdtrace로 제대로 boot 되었는지 확인해 봅니다.
   %mpdtrace -l
   hostname0_????? (192.168.1.??)
   hostname1_????? (192.168.1.??)
   hostname2_????? (192.168.1.??)
   hostname3_????? (192.168.1.??)
   위와같은 메세지가 나오면 성공입니다. (hostname 옆의 ?????는 숫자들이며, IP 주소도 시스템에 따라 달라짐)
    
7. 간단하게 MPI가 제대로 구동되는지 확인하기 위해서 다음을 실행해 봅니다.
   %mpiexec -n 32 hostname
   hostname0
   hostname1
   ......
   무작위 순서로 배정된 hostname이 모두 32개가 표시됨.
    
8. 특정 노드에 프로그램을 실행을 시키고 싶다면 mpiexec의 -machinefile 옵션을 사용해야 합니다.
   예를 들어, hostname1과 hostname2에 각각 4개의 프로세서를 할당하고 싶다면, 다음과 같은 내용으로 mpd.machine라는 화일을 생성합니다.
   hostname1:4
   hostname2:4
   그리고 이 화일을 이용하여 다음과 같이 실행합니다.
   % mpiexec -machinefile mpd.machine -np 8 <your_job>
    
9. mpdboot를 clear하려면,
   % mpdallexit
   Good luck !