GFDL MOM2

1.

%setenv MOMpath /usr1/ocean/MOM/MOM_2.2

%mkdir $MOMpath/EXP/GLOBE

%mkdir $MOMpath/EXP/GLOBE/MOM_UPDATES $MOMpath/EXP/GLOBE/PREP_UPDATES

2.

%cd $MOMpath/EXP/GLOBE/MOM_UPDATES

%cp $MOMpath/grids.F .

%cp $MOMpath/run_grids .

-> run_grids를 편집하여 "OPTIONS" 변수의 마지막에 "-Dsgi"를 추가한다.

-> run_grids를 편집하여 "MOM2" 변수를 위의 "MOMpath"와 같게 고쳐준다.

-> grid resolution과 region을 바꾸려면 grids.F를 알맞게 편집한다 (manual의 7장 p79 참조).

%./run_grids

-> 제대로 결과가 나왔는지 results_grids를 확인한다.

%cp $MOMpath/size.h .

-> results_grids의 맨뒤에 나오는 해상도(imt,jmt,km)에 맞추어서 방금 카피한 size.h를 고친다.

3.

%cp $MOMpath/topog.F .

%cp $MOMpath/run_topog .

-> run_topog를 편집하여 "MOMpath" 변수를 위의 "MOMpath"와 같게 고쳐준다.

-> NetCDF를 사용한다면 알맞은 library path와 include path를 정해 주어야 하는데 자세한 내용은 netCDF-3.4 와 udunits-1.11.6을 참조하면 된다.

$MOMpath/NETCDF에 있는 ncsetup.F, nctfind.F, ncymdhms.F, sincestr.F에 "/usr/local/etc/udunits.dat"의 부분도 알맞게 고쳐준다.

-> run_topog를 편집하여 "PLATFORM_OPTION" 변수를 "-Dsgi"에 맞게 uncomment한다.

-> topography를 바꾸려면 topog.F를 편집해야되는데 manual의 9장을 참조하면 된다.

-> run_topog를 실행하여 results_topog의 결과를 확인한다.

4.

%cp $MOMpath/run_mom_sgi .

-> run_mom_sgi를 편집하여 "myEXP = GLOBE"로 고친다.

-> datainpath는 PREP_UPDATES에서 만들어준 data의 path를 가리킨다.

-> DATABASE는 GFDL에서 제공하는 database들이 들어있는 path를 가리킨다.

-> MOMpath에서 NETCDFlib까지도 알맞게 고쳐주는데 WORKDIR 변수의 디렉토리는 고친후에 직접 자신이 만들어 주어야 한다.

-> PLATFORM_OPTION을 sgi에 맞춘다. (Digital Unix용 옵션은 아래항목 참조)

-> GFDL에서 제공하는 SBC data를 사용하려면 CASE 변수를 0이 아닌 1 또는 2의 값을 사용한다.

-> GFDL에서 제공하는 idealized T & S를 initial condition으로 사용하려면 LEVITUS_DAT_IC = yes 로 바꾼다.

-> GFDL에서 제공하는 sponge boundary를 사용하려면 SPONGE_DATA = yes로 바꾼다.

-> GFDL에서 제공하는 scripps based topography를 사용하려면 SCRIPPS_DATA = yes로 바꾼다.

%./run_mom_sgi

%cd $MOMpath/EXP/$myEXP/PREP_UPDATES

%cp $MOMpath/PREP_DATA/run_sbc .

%cp $MOMpath/PREP_DATA/run_ic .

%cp $MOMpath/PREP_DATA/run_sponge .

-> 위의 세가지 화일을 편집하여 다음과 같이 고친다.

myEXP = GLOBE
MOMupdates = MOM_UPDATES의 path를 적는다.
PREPupdates = PREP_UPDATES의 path를 적는다.
MOMpath = MOM의 HOME directory
PREPpath = GFDL에서 제공하는 MOMpath 아래의 PREP_DATA directory
datainpath = GFDL에서 제공하는 database가 있는 directory
dataoutpath = 결과 database가 저장될 directory
WORKDIR = working directory로서 setting 후에 직접 만들어 주어야 한다.

-> OPTIONS에 -Dcray_t90을 지우고 -Dsgi를 삽입하고 Digital Unix 상에서 실행 중일 경우 -convert big_endian도 함께 추가해 준다.

-> 입력 데이타를 copy하는 부분이 있는데 link를 시키는 것이 편하므로 symbolic link를 해주는데 각각의 link할 화일은 다음과 같다.

run_sbc : hellerman.tau, oorts.air
run_ic : *.temp, *.salt
run_sponge : *.mom

-> run_sbc에 intrph와 intrpo도 알맞게 고쳐준다.

-> Digital Unix에서는 $MOMpath/iomngr.F의 1182번쩨 줄에 write format error가 생기므로 다음과 같이 고쳐준다.

write(stdout,'(a4,)') -> write(stdout,'(a4)')

%./run.sbc

-> 실행 후에 각각의 *.prn 화일을 잘 살펴 보고 $dataoutpath에 길과가 제대로 들어갔는지 확인한다.

1. grids.F의 해상도를 알맞게 고친 후 run_grids를 실행하여 결과 확인.

2. index.h에 lsegf와 jmtfil의 값을 조정해야 하는데 이것은 mom2를 여러번 실행하면서 조정 (error message가 나옴).

3. diago_netcdf.F에 lenbuf가 10000으로 setting되어 있는데 이 값이 적정하지 않으면 처음 diagnostic 결과가 저장될 때 error message로서 print되는데, 될 수 있으면 첫 실행에서 diagnostic 결과를 빨리 저장하도록 하여 이것을 확인 해 보는 것이 좋다.

4. PREP_UPDATES에서 run_sbc, run_ic, run_sponge를 각각 다시 실행하여 해상도에 맞는 databsea 생성. 해상도가 높으면 database가 커지므로 될수 있으면 각각의 run scripts에 $dataoutpath로 copy하는 부분을 move로 고쳐주는 것이 좋다. 그렇지 않으면 FTMPDIR과 DATABASE에 똑같은 화일이 두개 존재하므로 FTMPDIR을 일부러 지우지 않는한 space의 낭비를 가져올 수 있다.

5. run_mom에서 runlen, dtts, dtuv, dtsf 등을 고친 후 실행. dtuv와 dtsf는 dtts의 24배 정도 작은 값을 채택.

1. $MOMpath/run_mom_sgi를 $MOMpath/run_mom_dec로 카피한다.

2. run_mom_dec를 편집하여 "COMPILER_OPTIONS"의 "-mips2"와 "-align64"를 빼고 다음을 추가한다.

"-convert big_endian"

3. LEN_TRIM 함수는 iomngr.F와 util.F, timer.F에 있는데 이것이 컴파일시 중복이 되므로 util.F와 timer.F에 있는 LEN_TRIM함수는 모두 comment처리한다. 참고로 f90으로 컴파일하면 LEN_TRIM이 Intrinsic Procedure로써 제공된다.

4. run_mom_dec를 편집하여 "COMPILER_SINGLE"에 "-convert big_endian"을 추가한다 (여기에는 "-r8"을 사용하면 안됨).

1. run_iomngr을 test할 때 iomngr.F에 sform='SYSTEM'이라고 써있는 부분이 있는데 이 format문은 Digital Unix에 맞지 않으므로 'UNFORMATTED'라고 고치거나 f77을 사용하지 맡고 f90을 사용하되 컴파일 옵션에 '-Df90'을 추가한다.

1. GFDL에서 제공하는 DATABASE는 32bit IEEE unformatted 화일이므로 이것을 읽으려면 위의 모든 scripts 화일에서 compile option에 "-r8" 부분을 빼주어야 하는데 (Digital Unix Fortran의 Default real size는 4이다) 이 옵션을 빼면 namelist나 그외 몇몇 부분에서 real size가 잘 맞지 않아 결과의 소수점 아래부분이 값이 많이 틀림을 알 수 있다. 이것은 수치모형에서 치명적인 에라를 유발할 수 있으므로 PREP_UPDATES에서 제공하는 모든 data를 real*8로 바꾸어서 만들어야 하는데 이것의 간단한 설명은 다음과 같고 자세한 것을 알고 싶으면 mail() 주시기 바랍니다.

우선 $MOMpath/PREP_DATA에서 sbc.F와 ic.F를 PREP_UPDATES에 copy한다 (sponge.F는 run_ic에서 만든 데이타를 이용하므로 고쳐줄 필요없다.).
각 화일을 편집하여 데이타를 read하는 부분(doit()서브루틴 내에 있음)을 찾아서 각각의 변수 중 real인 것 만 골라서 이것과 비슷한 이름으로 real*4로 정의한 변수를 만든다.
이렇게 만든 real*4변수로 read문의 변수를 대체하고 각각 읽은 후에 다시 원래의 real*8의 변수에 값을 치환하여 집어 넣어 주면 된다.

2. CASE=2를 사용할 경우, 즉 SBC를 MONTHLY로 읽어 들이는 부분에서 Digital Unix 상에서는 error이 나는데 그것은 SBC/MONTHLY/setatm.F에서 file을 open할 때 direct access의 record length의 값이 맞지 않기 때문이다. 왜냐하면 이 값이 Cray와도 맞지 않고 SGI에도 맞지 않기 때문이다. 정확한 record length의 값은 현재 테스트 중에 있으므로 결과가 검증이 되는대로 값을 제시하도록 하겠다 (검증 전에라도 값이 필요하신 분은 mail() 주시기 바랍니다).

File Name	Title	Variables
cmix.dta[.nc]	Estimated mixing coefficients	diff_cet(t,z,y,x) diff_cnt(t,z,y,x) diff_cbt(t,z,y,x) diff_ceu(t,z,y,x) diff_cnu(t,z,y,x) diff_cbu(t,z,y,x) period(t)
cvct.dta[.nc]	Rate of Convection	convect(t,z,y,x) : Rate of convection period(t) : Averaging period
diag_surf.dta[.nc]	Diagnostic Surface Height	dsp(t,y,x) : diag surf height dspper(t) : averaging period
energy_int.dta[.nc]	Energyanalysis	ddt_int(t) : internal mode energy change hadv_int(t) : internal mode work by hor adv vadv_int(t) : internal mode work by vert adv hfric_int(t) : internal mode work by hor fric vfric_int(t) : internal mode work by vert fric press_int(t) : internal mode work by pressure imbal_int(t) : internal mode imbalance wind_int(t) : internal mode work by wind drag_int(t) : internal mode work by bottom drag ddt_ext(t) : external mode energy change hadv_ext(t) : external mode work by hor adv vadv_ext(t) : external mode work by vert adv hfric_ext(t) : external mode work by hor fric vfric_ext(t) : external mode work by vert fric press_ext(t) : external mode work by pressure imbal_ext(t) : external mode imbalance wind_ext(t) : external mode work by wind drag_ext(t) : external mode work by bottom drag buoy(t) : buoyancy buoy_err(t) : buoyancy error energy_leak(t) : non-linear error period(t) : Averaging period
gyre_comp.dta[.nc]	Gyre northward transport components	zonal_mean_T(t,y) : x mean_T zonal_eddy_T(t,y) : x eddy_T vert_mean_T(t,y) : z mean_T vert_eddy_T(t,y) : z eddy T ekman_T(t,y) : ekman_T adv_T(t,y) : total advection_T diff_T(t,y) : diffusion_T total_T(t,y) : total transport_T zonal_mean_S(t,y) : x
overturn.dta[.nc]	Meridional Overturning
particles.dta[.nc]	Particle trajectories
psi.dta[.nc]	External mode
snapshots.dta[.nc]	Snapshots
term_bal.dta[.nc]	Term balances
time_mean.dta[.nc]	Time averages
tracer_avg.dta[.nc]	Tracer Averages
tracer_bud.dta[.nc]	Meridional Tracer Budget
ts_intgrls.dta[.nc]	Time Step Monitor
xbt.dta[.nc]	XBTs
zmean_sbc.dta[.nc]	Zonal mean of Surface BoundaryConditons